La estación de viajeros del ferrocarril se haya situada en el barrio de San Jorge, no muy lejos del centro de la ciudad, y tiene líneas regulares con Alicante, Alsasua, Barcelona, Burgos, Coruña, Irún, Hendaya, León, Lugo, Madrid (Altaria), Orense, Oviedo, Palencia, San Sebastián, Valencia, Vigo, Vitoria y Zaragoza.
Para llegar desde el sur hay que hacer transbordo en Madrid. Para consultar horarios y precios de los trenes de cualquier ciudad de España a Pamplona se puede ver la página web www.renfe.es o llamar al teléfono 902240202.